Inspiriert von der letzten Episode mit Greg Wilson von Software Carpentry und etwas „geschubst“ durch die Ereignisse rund um Sci-Hub haben wir in dieser Episode mal den Werkzeugkasten eines offenen Wissenschaftlers angeschaut. Oder besser ausgedrückt: wir werfen mal einen Blick darauf welche Tools darin liegen könnten die entlang des Forschungszyklus von der Ideenfindung und Antragsschreiberei bis hin zur Publikation wissenschaftlicher Ergebnisse zum Einsatz kommen. Natürlich ist unser Blick dabei aus unserer eigenen Position heraus gefärbt, aber wir hoffen damit einen kleinen Überblick und Anregungen vermitteln zu können. Dabei kommen wir auch auf das ein oder andere Tool zurück, dass wir hier schon erwähnt haben.
Viel Spaß beim Hören!
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Shownotes: OSR039 Die digitale Werkzeugkiste für eine offene Wissenschaft
Begrüßung
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Hausmeisterei
00:00:13OSR038 mit Greg Wilson; — Sci-Hub; — Konrad’s Interview zu Sci-Hub bei detektor.fm; — Konrad’s Blogpost zum Interview und zu Sci-Hub; — OSR025 mit Leseempfehlungen zum Thema Schattenbibliotheken;.
Generelles zum Thema digitale Werkzeuge für Offene Wissenschaftler
00:06:55Paper von Konrad et. al.: "Collaborative platforms for streamlining workflows in Open Science."; — Motivation; — Spezifische wie auch allgemeine Tools;.
Tools in der Vorbereitung/Planung/Kommunikation
00:15:20Research Ideas and Outcomes Journal (RIO); — Pensoft Writing Tool; — Talk "Hacking EU funding for a decentralizing FOSS project"; (Projektmanagement- und Issue-Tracking-Tools;) — Kanban Board; — Trello; — Redmine; — Audio-/Videokonferenz-Tools; — Skype; — Google Hangouts; — Mumble; — WebRTC; — SIP; — Studio-Link; <studio-link.de> — Studio-Link im Lautsprecher-Podcast; — AppearIn; — Zoom Webconferencing; — Firefox Hello; — Slack; — Matrix; — Jabber; — Google Wave bzw. jetzt Apache Wave; — Etherpad;.
Tools für das nachvollziehbare und kollaborative Arbeiten
00:34:07Wikis; — Etherpad; — Open Science Framework; — Center for Open Science; — OSF ist Open Source; — Reproducibility Project: Cancer Biology; — Konrad's etablierter Workflow; — Emacs org-mode; — Markdown; — A Quick Guide to Organizing Computational Biology Projects; — SciNote; — Kampagne auf Kickstarter; — BioSistemika; — Taverna Workflow Management System; — Kepler Project; — Jupyter Notebook; — Notebook Viewer; — JupyterHub; — Emacs; — Sage Bionetworks Synapse; — Synapse; — Sage Bionetworks; — John Wilbanks; — IBM and Sage announce Open Biomedical Research Platform based on IBM's Watson; — protocols.io; — Common Workflow Language; — Laboratory Information Management System (LIMS); — LIMSwiki; — bikalabs; — Plone CMS; — Zope; — openBIS; — openBIS ELN-LIMS; — Django;.
Tools für Data Sharing
01:15:19Git; — Github; — Gitlab; — Bitbucket; — Domänenspezifische Repositorien; — Git Large File Storage (LFS); — Git Annex; — Zenodo; — Long Tail; — figshare; — DataDryad; — Dropbox; — ownCloud; — Amazon Simple Storage Server (S3); — OpenStack; — Bittorrent; — Academic Torrents; — InterPlanetary File System (IPFS); — Blockchain; — Bitcoin; — Ethereum; — WikiData; glossary — Daniel Mietchen et. al.: "Enabling Open Science: Wikidata for Research (Wiki4R); — re3data.org; — XML; — Comprehensive Knowledge Archive Network; — Open-data Solutions Provider auf Basis von CKAN;.
Tools für das Publizieren
01:34:06Zenodo und figshare sind auch im Bereich Publishing zu nennen; — ASAPbio; — Preprint; — PeerJ; — PeerJ Paper Now; — Research Ideas and Outcomes Journal (RIO); — F1000Research; — Talk: CKAN: apt-get for the Debian of Data; — Science Matters; — ReScience Journal; — The Winnower;.
Meta Tools
01:43:30AG Open Science der Open Knowledge Foundation; — Public Call der AG Open Science; — Open Science Q&A; — StackExchange; — StackExchange Academia; — Open Science Q&A auf Area 51 (besprochen in OSR031) ist mittlerweile geschlossen; — Open Science Sub-Reddit; — Survey of Scholarly Tools Usage;.
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