OSR033 Bioinformatischer Einschlag

Begrüßung

OKCast; — Chaosradio Bioinformatik; — Bastian Greshake; — Bastian bei Explorism;.

Hausmeisterei

Tech-Dirt Artikel zur Rolle von Open Access in der Ebolabekämpfung; — Hörerfrage zur Promotion in der Bioinformatik; — Katrin Leinweber von KonScience hat mal PeerJs Paper Now getestet; — Katrin's Paper ist mittlerweile auf PeerJ erschienen;.

News - Activism

Wikipedia Science Conference; — Hackathon auf der Science Conference; — Wikimedia adopts open licensing policy for foundation-funded research; — Kürzlich war ein Open Science AG Public Call; — Blogpost dazu; — Nächster Call End Mai oder Anfang Juni; — Deutschsprachiger Open Science Twitter-Account; — Twitter deinen offenen Alltag; — Treffen auf dem Chaos Communication Camp; — Pavel Richter ist neuer CEO von Open Knowledge; — Pavel Richter;.

News - Open Access & Lizenzen

Hinweis von Bernd Rupp auf den OA Newsletter der Helmholzgemeinschaft; — Blogpost bezüglich der Nachhaltigkeit des PeerJ-Geschäftsmodels; — Self-host a scientific journal with eLife Lens; — eLife; — eLife Lens Reader; — eLife Lens Reader auf Github; (Studie vom der Max-Planck Digital Library - “Disrupting the subscription journals’ business model for the necessary large-scale transformation to open access” (PDF) [OPEN];)  — FAZ Artikel dazu; — Konrad's erfolgreichster Tweet; — open-access.net in neum Gewand und mit neuen Inhalten; — F1000Research to publish the ISCB Community Journal; — International Society of Computational Biology (ISCB); — PLoS Computational Biology; (Konrad war auf dem CeBiTec Symposium - Rolf Apweil hat über die Geschichte der Sequenzierdatenbanken erzählt: Waren von Beginn (1982) open!;)  — EMBL EBI; — Rolf Apweiler;.

News - Tools

Hörerhinweis von Frank Römer; — Common Workflow Language; — Docker in Life Sciences; — Docker; — eLife Recognizing the importance of new tools and resources for research; — UbuntuScience; — Björn Brembs über die wissenschaftliche Infrastruktur; — Software Carpentry; — Blogpost "PhD Starter Kit: Preparing for Life in Academia Available" von Achintya Rao; — Open Trials versucht Transparenz auch für klinische Studien zu fördern; — OpenTrials; — ContentMine;.

News - Open Data

WHO calls for all clinical trial results to be published; — Ben Goldacre: "How to Get All Trials Reported: Audit, Better Data, and Individual Accountability" [OPEN]; — DataCite übernimmt die Fortentwicklung von re3data.org;.

News - Peer Review & Metrics

Pedro Beltrao: Scientific Reports partners with Research Square to unbundle peer-review; — Dozens Of Scientific Papers Withdrawn After Peer-Review Fraud Uncovered; (Nature Biotechnology - Rebooting review [OPEN];)  — iPython Notebook; — Jupyter; — Briefings in Bioinformatics: "BIB's first impact factor is 24.37" [OPEN]; — Blogpost dazu; — MEGA3; — Elizabeth Marincola kündigt Änderungen des Peer Review Verfahrens bei PLOS an; — Das gesamte Interview wird im kommenden R.Science Podcast erscheinen;.

Misc

Folien und Audio von Katrin Leinwebers Vortrag zum Thema Wissenschaftkommunikation via PodCasts; — Science Biggest Fail; — Vox.com Artikel: "This is why you shouldn’t believe that exciting new medical study"; — John Ioannidis Interview dazu bei Vox.com; — Why Most Published Research Findings Are False; — Videos der Science 2.0 Conference 2015 sind verfügbar; — Auch von der Postdigital Scholar Conference an der Leuphana Lüneburg sind mittlerweile alle Videomitschnitte erschienen; — XKCD: The Economic Argument; — Copyright from the lens of a lawyer (and poet) [OPEN]; — Antwort von Mike Taylor; — Antwort von Björn Brembs; — EuroScientist Special zu Reproducibility and Replicability; — Sascha Förster startete einen eigenen Podcast; — Es gibt erste Details zur OpenCon 2015; — NASA's Data Portal; — NASA's PSI Data Repository; — re:publica15 Talk von Christine Corbett Moran “Simulating the Universe: Supercomputers in Astrophysics”;.

Epilog